Il ballottaggio più importante in Puglia si svolge a Brindisi, capoluogo di provincia di 88.812 abitanti, chiamato alle urne in anticipo a seguito delle dimissioni di meta’ più uno dei consiglieri: si contendono la carica di sindaco il candidato delle liste di centrosinistra Riccardo Rossi e quello di sei liste del centrodestra, Roberto Cavalera. Rossi, al primo turno ha ottenuto il 23,49%, Cavalera il 34,71%. Non ci sono stati apparentamenti. In provincia di Brindisi ballottaggi anche a Francavilla Fontana, dove si confrontano il sindaco uscente, Maurizio Bruno (sostenuto dal Pd e da quattro liste civiche) e Antonello Denuzzo (sostenuto da tre liste civiche).

Il primo, domenica 10 giugno, ha ottenuto il 37,23% dei voti, Denuzzo il 24,09%. Nella vicina Oria, infine – cittadina di 15.288 abitanti, chiamata alle urne in anticipo perchè il Consiglio fu sciolto a causa della mancata approvazione del rendiconto di gestione – duello tra Giuseppe Carbone, sostenuto da Forza Italia e 5 civiche (46,29%) e Maria detta Maria Lucia Carone, sostenuta da Udc e 4 liste civiche (42,57%). A Bisceglie, unica città della provincia di Barletta-Andria-Trani, ballottaggio tra Angelantonio Angarano (28,65%) e Giovanni Casella (23,13%), entrambi alla guida di coalizioni civiche, ma nel 2013 candidati sindaco rispettivamente di pd e centrodestra. Nessuno dei due ha fatto apparentamenti. Nel Foggiano nessun apparentamento a San Nicandro Garganico, unico Comune della provincia chiamato al voto. Al primo turno Costantino Ciavarella, medico e candidato del centrodestra ha ottenuto il 33,31% e se la vedrà con Mario D’Ambrosio sostenuto da Pd, Noi con l’Italia e una civica, che ha ottenuto il 15,82%. In provincia di Bari ballottaggi sono in programma ad Acquaviva, Altamura, Casamassima, Mola, Conversano e Noci.